菌肥要發揮出應用的作用，就要保證生物菌能存活，然后才能不斷繁殖形成菌群。生物菌活性越高，發揮的作用也就越大。
1.施用時避免見光：菌肥中的生物菌具有活性，而陽光中的紫外線具有殺菌作用，施用時遭陽光暴曬，很容易將其中的活性菌殺死，這樣菌肥就失去了其原有的功能。穴施菌肥，施用菌肥后立即用土填埋，避免見光。若撒施菌肥，也要在撒施后馬上進行深翻，保護生物菌活性。
2.與化肥混用時要謹慎：當前有很多生物菌沖施肥，可單獨使用，也可與化學肥料混合使用，但在與化肥混合沖施時要注意，避免高濃度的化學物質對生物菌的毒害作用，防止其抑制生物菌的活性，影響生物菌肥和化肥的使用效果。
其次，保證生物菌數量
生物菌肥要發揮作用，需要有益微生物大量繁殖才能發揮作用。這就需要菜農在施用菌肥時要科學，培育出強大的有益菌群。
1.菌肥不能用少了：菌肥一定要施足，形成強大的菌群，這樣才能發揮出應有的效果�？梢越Y合有機肥，補充土壤足夠的有機質，有益菌與有機質互相作用，能更好的繁殖生長。
2.菌肥不要亂混用：應用生物菌或生物菌肥時最好只使用一種，不宜將含有不同有益菌的多種生物菌肥同時使用，更不應經常更換使用不同種類的生物菌，這是因為生物菌肥要發揮作用，需要有益微生物大量繁殖才能發揮作用。而微生物與微生物之間存在互生、共生和對抗三類關系，一般不同的菌肥產品所含的主要有益菌種不同，若使用不同的生物菌肥后，其中的生物菌存在對抗關系，就會降低菌肥的肥效。
其次，越早施用越好
菌肥越早施用越好，這樣才能充分發揮改良土壤的功效。
1.利于肥效釋放：菌肥為持效性肥料，肥效釋放緩慢，有益菌的繁殖擴大、有機質的土壤改良都需要一定時間，所以在栽培前結合深翻整地最佳。
2.防止“大小年”：果樹“大小年”現象十分常見，主要原因還是因為果實采收后營養儲備不夠，影響了來年花芽分化。在秋季施入足量菌肥，不僅利于樹體儲備營養、恢復樹勢，還利于安全過冬，保證下一年的生長。
最后，注意合理搭配
菌肥中含有氮磷鉀等營養元素，但是在作物的生長過程中，不同時期的需肥規律不同，僅菌肥中含有的氮磷鉀并不能滿足作物的生長需求。所以必須要合理搭配化肥、有機肥。
1.有機肥要腐熟：很多菜農選擇雞糞作為底肥，如果不充分腐熟，也會引起燒根燒苗，以及植株旺長，引發根結線蟲等問題。
2.合理搭配化肥：菌肥肥效慢，搭配化肥可以起到取長補短的作用�；适枪┙o微生物生長發育的無機營養，兩者混用能促進微生物的活力，進而促進有機肥的分解。土壤微生物的活動還能產生維生素，生物素，煙堿酸等，增加土壤養份，提高土壤活力，促進作物的生長。 |
